In de zomer van 1464 verwoestte de pest San Gimignano. Ter ere van de patroonheilige tegen de ziekte, San Sebastiano, kreeg Benozzo de opdracht in een tijdsbestek van anderhalf jaar twee beelden van de heilige te realiseren, een fresco in chiesa di Sant'Agostino en een fresco in de Pieve (vandaag de Collegiate), die twee verschillende maar complementaire aspecten van de heilige vertegenwoordigen.
Met de hulp van zijn assistenten schilderde Benozzo in zestien dagen in Sant'Agostino de eerste grote muurschildering op het altaar gewijd aan de martelaar, een bewijs van de urgentie van de commissie.
Het schilderij heeft een bijzondere iconografie. In plaats van de gebruikelijke afbeelding van Sebastiaan die bijna naakt met pijlen doorboord wordt, is de heilige gekleed in een blauwe mantel, zoals de Madonna della Misericordia doorgaans afgebeeld wordt. Onder de mantel schuilen de bewoners van de stad. Enkele belangrijke notabelen worden hier geportretteerd.

Benozzo Gozzoli, San Sebastiano, 1464

Bij de restauratie in 1990 werd vastgesteld dat het fresco in niet meer dan zestien dagen werd uitgevoerd, waarna de kunstenaar het werk in de kapel van het kerkkoor kon voortzetten.

Ongeveer twee jaar later schilderde Benozzo een ander fresco, met hetzelfde onderwerp, boven het portaal van de Collegiata Santa Maria Assunta in San Gimignano.(4)