In 1226 overleed Franciscus van Assisi. Hij werd begraven in de kerk van San Giorgio in Assisi. In dezelfde kerk sprak paus Gregorius IX twee jaar later zijn heiligverklaring uit. Op verzoek van de paus ging broeder Elias, vicaris van Franciscus en later generale overste, over tot de bouw van een basiliek, in de crypte waarvan het lichaam van de heilige zou moeten rusten. De benedenkerk werd uitgehouwen in de rots. Op 25 mei 1230 werd het lichaam van Sint-Franciscus zo goed begraven in de crypte dat hij pas in 1818 opnieuw ontdekt werd.
In de benedenkerk zijn veel fresco's van de Maestro di San Francesco, Cimabue, Giotto en Pietro Lorenzetti. De fresco's in het schip van de benedenkerk in Assisi worden beschouwd als het meesterwerk van de Maestro di San Francesco. De fresco's initieerden rond 1260 de versiering in de Sint-Franciscusbasiliek. Voor de ogen van de pelgrims die het graf van de heilige in de lagere kerk bezochten, ontrolde zich een beeldprogramma van een geheel nieuw soort, met vijf scènes uit de Passie van Christus op de noordelijke muur en vijf scènes uit het leven van Sint Franciscus op de zuidelijke muur.
Een aardbeving op 26 september 1997 richtte veel schade aan in Assisi en in de Sint-Franciscusbasiliek. Bij het instorten van het dak van de bovenkerk werd een deel van de oorspronkelijke fresco's verwoest.

Een stelling en een barst,
de eerste tekenen van kunst.

Betekenis is een gezang,
iets valt in schilfers naar beneden
in een waas van hoger licht.

Puin bedekt ogen die ontelbaar zijn,
als sterren, even blind.

[Stefan Hertmans [3]